基本料金で利用できる顧客IDは「90名分のID」ですが、90社という意味ですか？

90社という意味ではありません。
個人単位で顧客ID数をカウントします。
1社で2名に顧客IDを発行した場合は、2IDとカウントします。
※基本料金で利用できる顧客IDは、特別会員180ID、正会員・準会員90IDとなります。